В Японии около 600 университетов, включая 425 частных. Общая численность студентов превышает 2,5 млн. человек. Самыми престижными государственными университетами являются Токийский (основан в 1877 году, имеет 11 факультетов), университет Киото (1897 год, 10 факультетов) и университет в Осаке (1931 год, 10 факультетов). За ними в рейтинге следуют университеты Хоккайдо и Тохоку. Из частных наиболее известны университеты Тюо, Нихон, Васэда, Мэйдзи, Токай и Кансайский университет в Осаке. Кроме них есть значительное количество "карликовых" высших учебных заведений, насчитывающих 200-300 студентов на 1-2 факультетах.

Поступить в государственные университеты можно, только закончив полную среднюю школу. Прием проводится в два этапа. На первом этапе абитуриенты централизованно сдают "Общий тест достижений первой ступени", который проводится Национальным центром по приему в университеты. Те, кто успешно выдержал тестирование, допускаются к вступительным экзаменам, проводимым уже непосредственно в университетах. Получившие высшие оценки по тестам допускаются к сдаче экзаменов в самые престижные университеты страны.

Следует подчеркнуть, что частные университеты проводят вступительные экзамены самостоятельно. Лучшие частные университеты имеют в своей структуре начальные, младшие и старшие средние школы и даже детские сады. И если абитуриент успешно прошел весь путь от детского сада до старшей школы в системе данного университета, он зачисляется в него без экзаменов.

Характерной особенностью организации учебного процесса в японских университетах является четкое деление на общенаучные и специальные дисциплины. Первые два года все студенты получают общеобразовательную подготовку, изучая общенаучные дисциплины - историю, философию, литературу, обществоведение, иностранные языки, а также слушая спецкурсы по своей будущей специальности. За первый двухгодичный период студенты получают возможность глубже вникнуть в суть избранной специальности, а преподаватели - убедиться в правильности выбора студента, определить его научный потенциал. Теоретически по окончании общенаучного цикла студент может поменять специализацию и даже факультет. В реальности, однако, такие случаи крайне редки и имеют место только в рамках одного факультета, а инициатором выступает администрация, а не студент. В последние два года студенты изучают избранную ими специальность.

Сроки обучения во всех университетах стандартизированы. Базовый курс высшего образования составляет 4 года по всем основным направлениям обучения и специальностям. Медики, стоматологи и ветеринары учатся на два года дольше. По окончании базового курса присуждается степень бакалавра - Gakushi. Формально студент имеет право числиться в вузе 8 лет, то есть отчисление нерадивых студентов практически исключается.

За редким исключением перевод из одного университета в другой не практикуется. Но отдельные университеты осуществляют прием иностранных студентов на второй или третий курс, при этом проводятся специальные экзамены по переводу иностранцев (transfer examination).

Выпускники вузов, проявившие способности к исследовательской работе, могут продолжить обучение на степень магистра (Shushi). Оно длится два года. Степень доктора философии (Hakushi) требует уже трех лет обучения для тех, кто имеет степень магистра, и не менее 5 лет для бакалавров.

Большинство университетов организуют учебный процесс по семестровой системе. В университетах принята система зачетных единиц, которыми оценивается объем изучаемого курса, исходя из количества часов, затрачиваемых еженедельно в течение семестра на работу в аудитории или лаборатории. Количество зачетных единиц, которые нужно набрать для получения степени бакалавра, колеблется от 124 до 150.

Программа на степень магистра предусматривает углубленную научную и профессиональную специализацию. После двухлетнего обучения по программе, оценивающейся в 30 зачетных единиц, сдачи выпускных экзаменов и защиты тезисов (диссертации) выпускнику аспирантуры присуждается степень магистра. Трехлетние докторские программы включают учебный курс в объеме 50 зачетных единиц, выпускной экзамен и защиту диссертации на основе индивидуально проведенных исследований.